蛋白翻译后修饰(PTMs)在生命体中具有十分重要的作用,它使得蛋白质的结构更为复杂、功能更为完善、调节更为精细、作用更为专一。常见的蛋白翻译后修饰过程有泛素化、磷酸化、糖基化、甲基化和乙酰化等,值得强调的是真核细胞中约80%以上的蛋白质都会被可逆磷酸化修饰(目前发现约20000种蛋白,其中18000种存在可逆磷酸化修饰),可见磷酸化修饰是生物体内最为普遍却尤为重要的一种调节方式,所以广大科研工作者们在科研开展过程中都会不可避免的涉及到磷酸化信号通路研究。由于一个蛋白会被其上游的多个激酶磷酸化,产生很多个磷酸化位点,而此蛋白被磷酸化后可作为激酶继而将其下游的蛋白磷酸化,所以信号通路研究的关键之处就是:寻找参与此信号通路的上下游关键蛋白,并确定这些蛋白具体的磷酸化位点。那么,干货来了,小编通过搜集顶级期刊上相关工作者的研究,将磷酸化位点筛选的实验设计方案总结如下:

 

第一种情况是已知A蛋白的下游靶点是B蛋白,求B蛋白的磷酸化位点:

 

 

 

 

 

 

 

第二种情况是寻找M蛋白上游的激酶,并求M蛋白的磷酸化位点:

 

 

从上述两种情况下的实验设计上不难看出(橘色框中的实验节点),在实验推进过程中,都需要去查阅大量的数据库和文献找到某蛋白的所有的磷酸化位点、上游的激酶、以及下游的靶蛋白。这一过程还是比较耗费时间的,Affinity作为全球磷酸化抗体最为齐全的抗体生产商,我们的宗旨就是助力科研,所以我们开发出磷酸化位点选择数据库,在这个数据库中,我们将每一个PTM修饰都清楚的列出来,最为重要的是将每一个磷酸化位点的上游激酶标记出来,并将这个蛋白的下游作用底物列举出来。这样的一个数据库,可以让您一目了然的看清楚每一个蛋白的上下游,真的是很强大了!小编真的为这些日子辛苦编程数据库的同事感到自豪!

 

接下来,和小编一起看一看这个数据库强大的功能吧~

 

1.官网搜索您感兴趣的抗体,点击PTM

 

 

点击PTM后可以看到两个下拉框,第一行(P00533 as Substrate)列举了此蛋白的所有翻译后修饰位点以及上游激酶;第二行(P00533 as PTM Enzyme)列举了此蛋白作为激酶时其下游的靶蛋白。

 

 

2.点击对应的下拉框查询PTM位点及上下游蛋白信息

Column 1: Site 翻译后修饰位点 

Column 2: PTM Type 翻译后修饰类型

Column 3: Enzyme 上游激酶

Column 4: Source 数据库来源

 

 

Column 1: Substrate 下游作用底物

Column 2: Site 激酶催化位点

Column 3: Source 数据库来源

 

这里还有两点Tips需要强调一下:

①不管是查看上游激酶(enzyme)还是下游底物(substrate),单击左侧蛋白ID可直达Uniprot蛋白数据库,单击括号中的蛋白名称可搜索Affinity对应抗体。

②位点橙色高亮显示的,表示Affinity有相应位点的现货磷酸化抗体,单击该位点可直达抗体页面噢!

 

 

跟着小编一路看下来,只需轻松两步PTM位点、上游激酶及下游作用底物尽收眼底,不得不说Affinity上线的这个磷酸化位点选择数据库是研究信号转导的最强利器!

 

 

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